ガールズシンフォニー ～少女交響詩～講述的是發(fā)生在一個叫做ハルモニア的世界的故事。在本游戲中，人類擁有音樂魔法的資質(zhì)，作為我方組織的“音樂學院”，據(jù)說是崇拜女神，認為音樂魔法是女神的力量，并且來教導人們學習音樂魔法，來正確處理和利用它的宗教和教育機關(guān)。敵對組織為“(壞)文明結(jié)社”，其統(tǒng)治階級為科學貴族。他們制造了以音樂家為攻擊目標的自律兵器(インクイジション?オートマタ)，來殺害不服從自己的音樂家。玩家作為指揮家，來指揮作為演奏家的少女，與結(jié)社及其制造的自律兵器戰(zhàn)斗。